Для создания плавного появления (Fade In) и исчезновения (Fade Out) слоя по маркерам в After Effects можно использовать следующее выражение:

transition = 20; // время перехода в кадрах
if (marker.numKeys < 2) {
    tSecs = transition / (1 / thisComp.frameDuration); // конвертируем в секунды
    linear(time, inPoint, inPoint + tSecs, 0, 100) - linear(time, outPoint - tSecs, outPoint, 0, 100)
} else {
    linear(time, inPoint, marker.key(1).time, 0, 100) - linear(time, marker.key(2).time, outPoint, 0, 100)
}