Последняя стабильная версия PHP в Debian 6 это 5.3.7. Обновление до более новой версии из стандартных репозиториев Debian невозможно. Минимальную версию, которую можно установить из репозитория dotdeb.org это 5.4+.

Но с ней большинство проектов не будут  работать как прежде, возможны ошибки и полная неработоспособность некоторых движков, например Joomla 1.5 / 2.5.

В репозитории php53.dotdeb.org больше нет поддержки PHP 5.3, поэтому будем устанавливать вручную из архивов.

Создаем временный каталог, в который скачаем архивы:
 
mkdir /tmp/php5
cd /tmp/php5
 
Скачиваем весь пакет PHP5 с архива (в нашем случае это PHP 5.3.10 для Debian x64 Squeeze ):
 
wget -r -l 1 http://archives.dotdeb.org/dists/squeeze/php5/5.3.10/binary-amd64/
 
Удаляем старые версии:
 
apt-get remove php5 libapache2-mod-php5
apt-get remove php5-gd php5-mysql php5-curl
apt-get remove php5-tidy php5-dev php-pear
apt-get remove php5-common php5-mcrypt php5-cli
 
и устанавливаем новые пакеты:
 
dpkg -i php5-common_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
dpkg -i libapache2-mod-php5_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
dpkg -i php5_5.3.10-1~dotdeb.1_all.deb
dpkg -i php5-mysql_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
dpkg -i php5-curl_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
dpkg -i php5-cli_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
dpkg -i php-pear_5.3.10-1~dotdeb.1_all.deb
dpkg -i php5-mcrypt_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
dpkg -i php5-tidy_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
dpkg -i php5-gd_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
dpkg -i php5-dev_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
 
Мы установили самые необходимые пакеты для работы PHP 5.3.10, при необходимости можно установить следующие:
 
php5-cgi_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-dbg_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-enchant_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-fpm_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-gmp_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-imap_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-interbase_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-intl_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-ldap_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-odbc_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-pgsql_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-pspell_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-recode_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-snmp_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-sqlite_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-sybase_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-xmlrpc_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb
php5-xsl_5.3.10-1~dotdeb.1_amd64.deb 
 
Перезагружаем Apache и проверяем версию PHP
 
/etc/init.d/apache2 restart или services apache2 restart
 
root@localhost:# php -v
PHP 5.3.10-1~dotdeb.1 with Suhosin-Patch (cli) (built: Feb  2 2012 23:28:08)
Copyright (c) 1997-2012 The PHP Group
Zend Engine v2.3.0, Copyright (c) 1998-2012 Zend Technologies